三元宫位於广州市越秀山南麓，为百粤著名道场，已有1600余年历史。据载，东晋元帝大兴二年(319年)，南海太守鲍靓为其女鲍姑建造了一座修道行医之所，因其地处越秀山脚下，故而取名为「越岗院」；又因其位於市北，後人又称为「北庙」。明崇祯十六年(1643年)，朝廷钦天监来广州，对当地乡绅说：「天卫三台列宿，应运照临穗城。越秀山气势雄厚，应将越岗院改为三元宫，祀奉三元大帝，以应天上瑞气。」当地乡绅一致赞同，遂集资将越岗院改建为三元宫，塑三元(上元、中元、下元)神像於正殿，移鲍姑像於偏殿。至清康熙三十九年(1700年)平南王尚可喜、巡抚李栖凤来宰粤郡，逢大旱，经乡绅要求，敦请罗浮山冲虚观住持杜阳棣来穗求雨，乃大降甘霖。官民欢悦，遂请杜阳棣住持三元宫，由尚可喜发起集资扩建殿堂，先後修建了山门灵官殿、正殿三元殿、钟鼓楼、吕祖殿、鲍姑殿、老君殿、玉皇殿、斗姥殿以及若干道舍。

杜阳棣本为明末进士，曾任主考官，明亡後，不愿为清朝官吏，遂隐居罗浮，任冲虚观住持。後又兼任广州三元宫、惠州元妙观住持。羽化後三观激烈争其遗体，互不相让，最後由官府判定，认为杜原住罗浮，且是名山，应归葬於名山；衣冠归三元宫，建衣冠冢；遗像归元妙观，悬於祖堂以资纪念。

同治年间，有武士黄宗胜，曾随黑旗军刘永福在安南与法军作战，屡立奇功。退役後任三元宫住持，两广总督瑞麟送一匾曰「护国佑民」，悬於殿前。

光绪二十九年(1903年)，三元宫住持梁宗琪将本宫田产六百二十三亩尽数拨出，兴办「时敏学堂」，为国家培养人才。朝廷敕赐「葆光励学」横匾，悬於山门上。

抗战期间，三元宫遭受严重破坏。光复後，由住持何诚瑞募化重修。「文革」期间，道友被迫离宫，所有神像、文物荡然无存。从1982年起，广州市道教协会开始了全面的修复工作。目前三元宫已焕然一新。整个宫观依山势而建，殿阁逐级而上，院落隐於林木之间，清虚优雅，堪称岭南之胜境。