南北朝的道教,继续做著改造提高的工作,基本上改造为官方宗教,教理教义有了进一步的充实提高,完成了向所谓「高级宗教」的转化,社会影响力不断增加。
这时期,加入道教的士大夫更多了,道教徒中文化水平较高者相对增加,制作道经有了更多的人手。为了提高道教,使之更合士大夫们的口味,以便和佛教抗衡,大量道经涌现。早在葛洪时,据《抱朴子内篇·遐览》统计,已有道经六百七十卷、符箓五百馀卷,合一千二百卷。葛洪本人看见二百多卷。葛洪以後又相继产生《灵宝》、《上清》两大系统的道经,到刘宋时,陆修静便能依据这些经书编出《三洞经目录》,共计有一千二百二十八卷。陆修静模拟佛教《三藏》编纂道经目录,不仅是对道经作了分类,实际上也是初步做了判教的工作,划分出三个大的学派。尽管这种工作在他本人是不十分明确的,但其实际效果就是把已经萌芽的道教中对教义有分歧的团体划分开来,促进了道派的发展。陆修静以前,产生了不同方法修行的道术及其理论总结,有了不太严密的传授系统,经过陆修静的编目工作,分别了「三洞」的品级先後高低,学派的意识便明显强烈起来。陆修静没有明确宣布自己赞成哪一派,而是兼收并蓄,所以他之前的几种道术在其手里得到集中,又从他手里扩散出去,各自向独立方向发展。当然,道教学派之间的界限不像佛教那样严密和明确,它们各有自己的特色,又融合了其他学派的许多内容,这和道教之术杂而多端的总特点是相一致的。
综观南北朝道教,南方道教比较注重义理,对道教理论的建设作得更多,和佛教之争主要是理论之争,灵宝派和上清派组织松散,南天师道此时不活跃,很可能在孙恩暴动失败後受到重创;北方道教比较重视轨仪,发展宗教组织,和佛教之争主要是政治地位之争,北天师道一度被统治者抬在佛教之上。然而,不论是南方道教还是北方道教,都经过改造成为官方宗教,完成了道教从民间走向官方的进程。南北朝的道教虽不如佛教阵容庞大,但也编制了大批经典,丰富了神仙长生的理论,具备了一些宗教仪式和清规戒律,形成某些学派,足可与佛教和儒学在思想文化界鼎足而立了。