南宋偏安，与金、元对峙，形成继南北朝之後中国历史上又一次南北分治的局面，由此带来道教发展的新格局，宗派纷起。南方以符箓三山为主，又有神霄、清微、净明等派，还有所谓金丹派南宗。北方产生了太一教、大道教、全真道等新道派。这是道教史上的又一个转折时期，教义教制都呈现了新的面貌，内丹学大为流行，形成以炼内丹为主旨的道派，而符箓派吸收内丹术，形成新的符箓道派，道教再次出现改革的气象。这次改革不像南北朝是要完成从民间到官方的任务，而是道教自身教义教制的革新，并因此形成新道派。

    南宋道教：南宋统治者对道教不再象真宗、徽宗那样狂热，南宋高宗还对徽宗崇道的流弊作了纠正。对道教的管理也加强了，建立宫观，道士出家等皆有严格限制。但统治者对道教仍然信奉，并将崔府君、四圣真君作为皇室保护神而加以崇祀，以庇佑其半壁河山。道教法术同样获得统治者信赖，加以运用，凡遇灾祸或节庆，都命道士做法事，以求风调雨顺、国泰民安。南宋统治者对道教伦理思想大加提倡，比如宋理宗推荐道教劝善书《太上感应篇》给社会，亲笔为其刊本题写了「诸恶莫作，众善奉行」，劝人行善做好事，免遭神灵报应。经统治者提倡，《感应篇》广泛流行於社会上，继之而起，形成了一批道教劝善书，以收拾人心，维护社会秩序为使命。南宋统治者对於道教，不外也是利用它的教化功能，安定社会，巩固皇权。

    南宋道派以符箓派居多，以龙虎山、茅山、阁皂山所谓「三山符箓」为中心，即仍以传统的符箓派正一、上清、灵宝为主，另外还有净明道和内丹派南宗，以及新兴的东华、神霄、清微等符箓道派。

    茅山宗在南宋，共立十五代宗师，这些宗师虽不乏以道术名世，受到朝廷徵召赐号，但除蒋宗瑛外，皆无著述传世，在教义的发挥上，较茅山宗鼎盛的隋唐时代已呈衰退之象。南宋时茅山宗在道教中已不居主流地位，这一地位已由龙虎山张天师道所取代。

    南宋高宗、孝宗、宁宗、理宗等对张天师道都十分崇奉，除了大修龙虎山上清宫，又优礼天师。尤其是理宗时期，加封张陵为「三天扶教辅元大法师正一靖应显佑真君」，钦定龙虎山为江南符箓道派的统领，主管三山符箓，龙虎山张天师道此取得了统领符箓诸派的显赫地位。

    阁皂宗是由灵宝派衍化而来，或者说就是灵宝派进入宋元後的另一名称。灵宝派道士多活动於民间，罕见有受朝廷徵召赐封的高道，其影响和地位故不及茅山、龙虎二宗。南宋时，灵宝派在民间影响较大，以江西阁皂山为本山，但传行灵宝法者不仅仅是职业道士。

    金丹派南宗：两宋金元时，道教内丹学空前兴旺，出现了以炼内丹为宗旨的道派，流行於南宋的金丹派南宗是其代表之一。所谓「南宗」，严格地说是内丹的一个学派，师法宗承张伯端《悟真篇》，主张大隐混俗，不倡出家，与全真道不同。南宋时，南宗一派凡四传。第一传陈楠，为张伯端三传弟子。从张到陈，并无教团组织和本派宫观，仅在个别人中以丹诀秘传。第二传白玉蟾，为南宗教团的创建者。张伯端、石泰、薜道光、陈楠、白玉蟾五代，被南宗尊为「南五祖」。第三传有彭耜等。第四传有李道纯等。张伯端之後，南宗在修炼上可分为重内丹传统与重禅道融合两大类，重内丹一类又分清修、双修二派，重禅道融合一类以揉合释道二家的「以心契道」说为理论基础。入元之後，南宗教团力量弱小，合流於全真、正一派而消失。

    金代道教：金统治者一方面尊玄重道，另一方面也对道教加以了限制，以防道教「惑众乱民」，北方社会的战乱，民族矛盾的尖锐，金统治者对道教上层人士的笼络，道教自身发展演化因素等等，使太一教、大道教、全真道三大新道派从民间涌现，成为金代道教的主流。

    元代道教：入元以後，在统治者的扶持下，道教出现兴盛局面，这种兴盛与隋唐道教相比，主要不是教理教义上的，而是教团组织上的，新老道派呈现合流的趋势，形成了北方以全真道为代表，南方以正一道为中心的格局。

    南宋末年，张天师道即与元室结上关系，元世祖忽必烈灭南宋之前，效法成吉思汗对邱处机的礼聘，遣密使入龙虎山，向三十五代天师张可大密求符命，可大称元室二十年当统一天下。南宋亡後，忽必烈於至元十三年(公元1276)召见可大之子第三十六代天师张宗演，待以客礼，命主领江南道教，赐银印。次年(公元1277)，又醮於长春宫，赐号「演道灵应冲和真人」，给二品银印，命主江南道教事，准许自给牒度人为道士。此後，历代正一天师皆被元室封为「真人」，命袭掌三山符箓、江南诸路道教事。元世祖对张宗演的两次接见，使他获得了不同寻常的头衔和职务。首先是天师头衔。元世祖在其《制》文中称宗演为「嗣汉三十六代天师」，等於以官方名义正式承认了「天师」头衔。在此之前，张陵後人虽自称天师，民间也以此相呼，但从未受到官方认可，宋代皇帝仅赐以「先生」号。正式用官方名义承认张陵子孙为天师始於元始祖忽必烈，也只有元朝政府如此做，到明太祖即位即取消了天师称号。其次是主领江南道教的权力。南宋末张可大受命提举三山符箓，权限不及此，现张宗演主领江南道教，便与全真道分治南北，成为道教诸派中发展最盛，势力范围较广的一个派别，其发展远远超过了茅山宗和阁皂宗。入元以後，从三十六代天师张宗演到第四十一代天师张正言，均受元室尊崇，封为真人，尊称天师，命掌江南道教，获得了前所未有的殊荣，是龙虎山张天师道获得较大发展的时期。历代天师受命主管江南道教，不仅江南符箓派的教务受其统领，全真道之在江南者，亦受其统辖。江南道教各派宫观的赐额，道官、道职的任命，以及道官封号的赐予等，皆须经天师的首肯和转达。这使得历代天师的首领地位日渐巩固，以至到元代中後期，以天师为首领的龙虎宗逐渐形成为南方道教的重心，其馀道教符箓派一步步结合到它周围，最後组成一个大的道派--正一道。

    南宋金元是道教发展史上又一重大转折时期。综上所述，可知南宋金元是道教发展史上又一重大转折时期，逐步形成了全真、正一两大道派各据一方的格局，为明清乃至近当代道教的发展、教派的地理分布等奠定了基础。直到今天，仍然是正一道主要分布江南，全真道占据北方的格局。比较起来，全真道分布更为广泛，在南方的不少地方也建立起全真宫观，这一格局是明清时最终完成的。