清代统治者对道教缺乏信仰和了解，为笼络汉人，政治上也利用道教，但由於当时道教和民间秘密宗教、秘密会社的关系密切，故对道教严加防范，以防其「蛊惑愚众」。顺治要求正一道「不得惑乱愚民」，对全真道在北京的阐教活动予以支持。康熙认为长生久视於世道无补，求方药是愚蠢的，对正一道首领照例行封赐。雍正提倡三教各有所长，缺一不可，故对道教的功用也给予肯定，优礼天师後嗣及龙虎山道士娄近垣。从乾隆起，清廷对道教活动的限制日趋严格，道教的地位不断下降，组织发展基本停滞，教理教义毫无创新。乾隆将正一道的组织发展限制在龙虎山，禁止到其他地方传道授箓，又将正一真人的品秩由二品降至五品，道光时更下令停止正一真人上京朝觐，正一道与统治者的关系被隔绝。但正一道在民间，其活动还在进行，对民众生活的影响还是有的，并向边远地区和少数民族中传播。

    全真道的中兴：全真道在明代默默无闻，入清以後，全真龙门派第七代律师王常月为中兴本派进行了大量活动，使龙门派实力增加，出现中兴气象。王常月的阐教活动，不仅发展了为数不少的教徒，而且争取到了清室的庇佑和支持，并进一步扩大了全真道传播的地域范围，使龙门派扩展到南方，江浙、武当、四川都有龙门弟子的身影。王常月以强化戒律来规范道徒行为，使之合乎统治者要求，又将内丹修炼与戒律结合起来，要徒众明心见性，以心性持戒，自觉守持戒律，从而「戒行精严」。经王常月中兴的全真龙门派，既符合清廷口味，又给一些明遗民提供了精神安抚，起到了稳定社会秩序的作用。王常月之後，全真龙门派进一步发展，在南北等广阔地域传播。在江浙，龙门弟子日益增多，又相继分衍出一些龙门支派，一派兴盛之景。许多文化素养较高的士大夫加入教门，成为中兴龙门的骨干，有些道士如龙门派第十一代宗师闵一得著述甚多，对道教思想作了阐发。江浙地区龙门派在发展中又逐渐与正一道相融合，透入到世俗日常生活中。在江西南昌西山，净明道的祖庭，龙门派支系也在传衍。在湖北武当山，龙门派的传播更为盛大，学道者百馀人，其中一些後来又先後去河南、山西、四川、陕西等地传衍龙门派。直到今日，全真龙门派仍是道教中势力较大的一派。

    可以说，明清两代正一道和全真道的地位角色正好作了个转换，明代正一道较活跃，比较受统治者器重，到了清代则是全真道较兴旺，较受统治者青睐。而总的说来，道教在官方的地位走下坡路，在民间和少数民族边远地区则仍在传衍，伴随著华人向海外的移民，台港及东南亚都能发现道教的踪迹。